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siRNA 敲低第一步就输了?转染体系里最容易踩的 3 个坑

发布日期:2026.08.06

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RNA 干扰的成败,一半取决于序列,一半取决于递送。siRNA 只有 21~23 nt,自身无法穿过细胞膜,必须依靠脂质体等转染试剂把它送进细胞质。如果这一步出了问题,后面所有检测数据都无从谈起。本篇聚焦转染环节最常被问到的 3 个问题:能不能加血清、细胞状态差怎么办、能不能靠加浓度救效率。


坑一:配制脂质体—siRNA 复合物时加了血清


血清中含有大量蛋白质,其中带负电荷的蛋白会与阳离子脂质体发生竞争结合,干扰脂质体—siRNA 复合物的正常形成,直接导致转染效率下降。

更麻烦的是另一方面:脂质体在转染过程中可能把血清中的蛋白一并带入细胞,引发细胞毒性,使细胞状态变差,转染效率进一步降低。也就是说,血清带来的负面影响是双重的——既影响复合物形成,又影响细胞活性。


▎ 实操规则:不同转染试剂要求不同


以 Lipofectamine 2000 为例:配制 siRNA 与 Lipofectamine 2000 混合物时不能含有血清;而细胞培养基可以含有血清,但不能含有抗生素。不同品牌、不同代次的试剂要求并不一致,建议先完整阅读转染试剂说明书,再开始实验。


一句话记住:混合时无血清、无抗生素;培养时可有血清、无抗生素。


坑二:转染 siRNA 后细胞状态差


细胞状态差会同时污染 mRNA 和蛋白两个层面的数据——你看到的"敲低后差异",很可能只是毒性造成的假象。可以从以下 3 个方向改善:


1. 转染试剂的细胞毒性

外源的化学刺激会在一定程度上影响细胞活力。应对办法是优化转染试剂的用量、优化转染时间(例如适当缩短复合物与细胞共孵育的时间),或者更换毒性更小的转染试剂。


2. 细胞自身的状态条件

选用代数较低的细胞,控制转染时的细胞密度,保证细胞在转染时处于比较好的状态。这属于实验的基本功,却也是最容易被忽略的一环。


3. 基因本身的功能特性

部分基因与细胞应激等生物学过程相关,其表达量对外界刺激非常敏感。这类基因被敲低后,细胞状态变差往往不是试剂的锅,而是靶基因本身的功能所致。此时可以适当调整检测时间、控制敲低效率(不必一味追求 90% 以上的敲低),在"有效敲低"和"细胞能活"之间取平衡。


坑三:把 siRNA 浓度加倍来提高沉默效率


当我们采用成熟的转染体系却依然没有获得理想的干扰效率时,第一选择应该是更换干扰序列,而不是先把浓度往上堆。如果确实要优化转染浓度,也应当在一定范围内进行,通常的优化范围是 10~150 nM,不宜过大。


▎ 为什么不建议盲目加量


高浓度的 siRNA 会增加非特异性作用的可能性,产生脱靶效应,并对细胞产生毒性——最终你得到的可能不是更高的敲低效率,而是一堆不可信的数据。另外要注意:转染试剂的浓度并不是严格与 siRNA 浓度线性相关的,建议在说明书指导下按梯度设置,而不是自行等比例放大。

小结一下本篇的决策顺序:先看转染体系是否规范(血清、抗生素、细胞状态)→ 再换序列 → 最后才在 10~150 nM 范围内微调浓度。


本篇要点速查


问题

关键原因

处理方向

配制复合物时加了血清

血清中带负电蛋白干扰脂质体—siRNA 复合物形成;带入的血清蛋白还可能引发细胞毒性

混合体系严格无血清、无抗生素;培养基可含血清;以说明书为准

转染后细胞状态差

①试剂细胞毒性 ②细胞代数/密度不合适 ③靶基因本身参与应激等过程

优化试剂用量与时间、更换低毒试剂;换低代数细胞;调整检测时间、控制敲低效率

想靠加倍浓度提高效率

高浓度siRNA 增加脱靶效应与细胞毒性,且试剂浓度并非线性相关

优先更换干扰序列;确需优化时控制在10~150 nM 范围并设梯度

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