常规交付周期
载体现货
靶序列准确性
推荐最优靶点
短发夹RNA（shRNA）是一种由载体表达的小RNA分子，在细胞内经Dicer酶加工后形成成熟siRNA，随后组装进入RISC复合体，在转录后水平特异性识别并降解靶mRNA，实现基因敲低（Knockdown）。
我们提供多种启动子组合（U6、H1、CMV等）、筛选标记（嘌呤霉素、潮霉素等）及报告基因（GFP、mCherry、Luciferase等）的shRNA载体系统。支持客户提供Gene ID / Accession Number，由我们完成设计、构建、测序验证与报告交付。
向导RNA（gRNA / sgRNA）是CRISPR/Cas9系统的核心引导元件，与Cas9形成复合体后在基因组特定位点引入DNA双链断裂，经NHEJ或HDR实现基因敲除、敲入或点突变。
支持U6、T7等启动子以及筛选标记、荧光报告基因的灵活组合，适配哺乳动物细胞、植物及微生物体系。自主算法综合切割效率、脱靶风险和位点特异性，推荐3~5个最优gRNA靶位点并提供脱靶分析报告。
| 对比维度 | shRNA（RNAi干扰） | gRNA/sgRNA（CRISPR编辑） |
| 作用层次 | 转录后（mRNA降解） | DNA水平（基因组切割） |
| 作用机制 | shRNA→Dicer加工→siRNA→RISC降解mRNA | gRNA引导Cas9切割DNA双链→NHEJ/HDR修复 |
| 效果类型 | 基因敲低（Knockdown，部分抑制） | 基因敲除/敲入/编辑（Knockout/Knock-in） |
| 效果持久性 | 依赖载体表达，可逆（去除筛选后恢复） | 永久性DNA改变，可遗传给子代细胞 |
| 靶序列长度 | 19-29 bp（靶向mRNA） | 约20 bp + PAM（NGG，靶向基因组DNA） |
| Cas9依赖 | 不需要 | 需要（共转染Cas9质粒/蛋白/mRNA） |
| 脱靶风险 | seed序列同源性脱靶（较轻） | guide序列错配脱靶（需严格评估） |
| 适用场景 | 基因功能研究、信号通路、可逆沉默、文库筛选 | 基因敲除、疾病模型、基因治疗、点突变修复 |
| 载体启动子 | Pol III启动子（U6/H1）为主 | U6启动子（gRNA）+ Pol II启动子（Cas9） |
选择建议：需要可逆性基因沉默、研究必需基因功能或高通量筛选，选择shRNA；需要永久性基因敲除、疾病模型、基因治疗、基因敲入或精确点突变，选择gRNA（精确编辑需配合HDR模板）。
shRNA靶序列设计：对正义链种子区（seed sequence，第2~8位）与非靶标mRNA 3’UTR进行全转录组比对，结合miRNA-like off-target机制和BLAST全基因组比对，排除高同源序列。每基因设计3条独立靶序列（三保一），经qPCR验证确保至少1条敲低效率≥50%。
gRNA靶序列设计：采用Doench Rule Set 2 / Azimuth等算法评估切割效率，系统分析PAM邻近区域错配容忍度，优先选择外显子保守区并避开SNP高频位点。每基因设计2~3条gRNA候选，同步设计验证引物。
设计评分流程：靶基因信息获取 → 候选序列生成 → 特异性与效率评估 → 全基因组脱靶分析 → 二级结构评估 → 筛选最优2-3条序列并交付完整评分与脱靶报告。
| 服务类型 | 靶序列长度 | 交付周期 （自然日） |
价格 | 说明 |
shRNA/gRNA定制 |
19-25 bp | 5-10 | 咨询 |
客户提供靶序列 或我方设计单条 |
gRNA三保一 |
19-25 bp | 5-12 | 咨询 |
每基因设计3条， 确保至少1条有效 |
shRNA三保一 |
19-25 bp | 5-12 | 咨询 |
确保至少1条 敲低效率≥50% |
gRNA双靶点构建 |
19-25 bp ×2 | 7-14 | 咨询 |
同一载体构建2条gRNA， 用于大片段删除 |
| 附加服务 | 说明 | 周期 |
| 靶序列设计 | Reynolds评分(shRNA)/Doench评分(gRNA)+脱靶分析 | 1-2个工作日 |
| 去内毒素质粒制备 | 适用于转染级质粒需求，内毒素<0.1 EU/μg | 3-5个工作日 |
| 大规格质粒制备 | Midi(>100μg) / Maxi(>500μg) | 5-7个工作日 |
| QC环节 | 检测方法 | 合格标准 |
| 靶序列插入正确性 | Sanger测序（插入位点双向测序） | 靶序列与设计序列100%一致 |
| 载体完整性 | 酶切验证 / 菌落PCR | 片段大小与预期一致 |
| 质粒纯度 | 紫外分光光度法 | A260/A280 = 1.8 ~ 2.0 |
| 质粒浓度 | 紫外吸收法 | ≥5 μg（标准交付量） |
| 菌种活性 | 甘油菌复苏培养 | 复苏后菌落生长正常 |
| 脱靶分析（设计阶段） | 全基因组比对 | 排除高脱靶风险靶点 |
| 内毒素水平 | LAL鲎试剂法（去内毒素规格） | < 0.1 EU/μg |
shRNA适合可逆性敲低研究，gRNA适合永久性功能丧失研究，用于细胞增殖、凋亡、分化与迁移分析
敲低通路关键节点或利用双gRNA删除基因簇、调控区域，解析通路交叉与代偿机制
利用CRISPR-Cas9/gRNA引入疾病相关突变，配合HDR模板实现精确点突变敲入
shRNA文库适合负向筛选，gRNA文库覆盖更广，支持正向和负向功能基因组筛选
通过AAV等病毒载体递送shRNA沉默致病基因或递送gRNA纠正致病突变
Tet-On/Tet-Off诱导型shRNA实现时序可控敲低，加入Dox启动、撤除后恢复表达
用于代谢通路重构、工程菌株功能验证、作物性状改良与抗逆品种培育
