shRNA 通过 RNAi 在 mRNA 水平降解靶转录本，实现基因敲低（部分抑制、可逆）；gRNA 引导 Cas9 在 DNA 水平切割基因组，实现敲除/敲入（完全、永久、可遗传）。需要可逆沉默或研究必需基因选 shRNA；需要永久敲除、构建疾病模型或精确编辑选 gRNA。不确定时建议先用 shRNA 初筛，再用 gRNA 确认。

siRNA 是化学合成双链 RNA，直接转染起效，作用快（24–72 h）但瞬时（3–7 天）；shRNA 是 DNA 载体表达的发夹 RNA，经 Dicer 加工成 siRNA 起效，可随质粒稳定表达或病毒整合实现长期沉默。短期敲低选 siRNA，长期研究或构建稳转株选 shRNA。

针对一个靶基因设计 3 条独立序列并构建 3 个质粒，保证至少 1 条达到承诺效果（shRNA 敲低效率 ≥50%，siRNA mRNA 抑制 ≥70%）。单条成功率约 60–70%，三条组合保证率可达 95% 以上。未达承诺并提供定量数据后，免费重新设计。

采用 Doench Rule Set 2 / Azimuth 等算法预测切割效率，识别 3' 端 NGG（SpCas9）PAM，做全基因组脱靶比对排除高风险位点，优先选择组成型外显子并避开 SNP 高频区，同时评估二级结构。我们提供完整脱靶分析报告，建议配合 eSpCas9 / HiFi Cas9 等高保真变体进一步降低脱靶。

shRNA 载体可选 U6/H1（Pol III）或 CMV/EF1α（Pol II）启动子，筛选标记含 Puromycin、Hygromycin、Neomycin、Blasticidin，报告基因含 eGFP、mCherry、Luciferase；gRNA 载体分 gRNA-only 型（需另配 Cas9）和 All-in-one 型（gRNA+Cas9 共表达）。瞬时转染选非病毒型 + Puro + eGFP，构建稳转株选慢病毒型 + Puro，一站式编辑选 All-in-one。

shRNA 在转染 48–72 h 后 qPCR 检测 mRNA 下降，72–96 h 后 Western Blot 检测蛋白下降。gRNA 在转染 48–72 h 后提取基因组，用 T7E1 酶切法快速判断，或 Sanger 测序 + ICE 分析 indel 频率，也可 Western Blot 验证蛋白丧失。需纯合敲除克隆时可做单克隆化（有限稀释法，约 2–4 周）。

可以。需提供载体图谱、完整序列和测序验证结果（或寄送实物由我们测序）。我们会评估酶切位点兼容性，并确认启动子是否适合：若您的载体只有 Pol II 启动子，需额外引入 Pol III 启动子驱动 shRNA。

共转染后 24–48 h 发生 DNA 切割，48–72 h 即可用 T7E1 酶切或测序检测编辑效率；使用 All-in-one 载体无需等待 Cas9 表达，48 h 即可检测。蛋白水平需等待原有蛋白降解，72–96 h 后 Western Blot 可见下降。